Après son sauvetage, Snake a été placé dans une unité de soins intensifs où il a été interrogé par des agents du gouvernement américain, au sujet de la défection de The Boss. The Boss was Big Boss's mentor and mother figure.

Pendant les incidents San Hieronymo et Peace Walker, il a décidé de ne pas chasser les animaux (bien qu'il ait saut dans l'eau pour manger un poisson cru Arowana lors de la recherche pour le laboratoire d'IA à Heredia centrale lors de l'incident Peace Walker), que lui et son les hommes avaient beaucoup de nourriture à manger dans les deux cas. According to Shortly after Naked Snake told Para-Medic that his real name was John Doe, she claimed that he was "a real Captain Nemo." Bien que pas un nom de code ou pseudonyme formelle, il a été une fois appelé «Fils de The Boss" par le colonel Volgin juste avant leur combat dans le hangar de Groznyj Grad, en référence au fait qu'il était dernier disciple de The Boss. Au cours de son périple à travers Tselinoyarsk, Snake a combattu et vaincu divers membres de l'Unité Cobra y compris The Pain, The Fear, The End, et, finalement, The Fury. Although Big Boss found out that EVA lied about her origins and objectives, he did eventually forgive her.

Sokolov a été enlevé par The Boss et offert par l'Unité Cobra comme cadeau pour le Colonel Yevgeny Borisovitch Volgin. Snake and EVA then started to make their escape in the WIG, but before they could do so, they were once again confronted by Ocelot, as he used a flying platform to board the plane and challenge Snake to another fight. Big Boss a été capturé par FOX et emmené à la péninsule, où il a été emprisonné et interrogé.

Big Boss n'a pas aimé les films d'espionnage genre, en particulier les James Bond films, sentant qu'ils ne dépeignent la vie de l'agent réaliste du tout, au point qu'il ne pouvait pas aider mais se comparer à Bond négativement, même quand il savait qu'il était fiction.

They both worked together to defeat Gene. Before his death, he made peace with Snake, lauding him for his choice in diverging from the path he himself had taken, recognizing he had been mistaken.

Ahab attempted to drive the ambulance, but he crashed into a river bank. Big Boss alors confronté Snake dans la base souterraine, appel à la guerrier au sein de serpent qui aspirait le monde de la guerre perpétuelle qu'il essayait de créer. Bien que souffrant de graves blessures, il était encore vivant. Today we're finishing up our two-part series where we tell you why you favorite game aren't any good. En 1966, Big Boss a rencontré un orphelin de guerre connu comme Bien que Big Boss soit devenu une légende dans le monde des opérations secrètes en raison de ses exploits, il a continué à utiliser le nom de code Naked Snake, car il s'estimait indigne du titre de The Boss. Néanmoins, plusieurs de ses subordonnés et camarades le «Boss» appelé avant cela, ou d'autres variations comme «Vic Boss" He accepted that his mentor was a warmonger and needed to be stopped.

On his way to Big Boss rescued Chico and headed to Mount Irazu, where the nukes were stationed. He took a explosion for BB, and was then transformed, against his will into a physical and mental doppelgänger of his idol, much like how Raiden was made into a new Snake. However, as a result of Volgin's unanticipated decision to detonate one of the American nuclear warheads in a display that would destroy Sokolov's research facility, the U.S. was forced to go with a change in plans, having decided that sacrificing The Boss' life at the hands of Snake, her own favorite trainee and disciple, would be the best way of outwardly proving America's innocence to the Soviets.

Là, l'unité de Big Boss tend une embuscade à Le 4 Novembre 1974, Big Boss est dans une base MSF en Côte Barranquilla en Colombie, quand il est approché par Big Boss a d'abord refusé de retenir l'invasion, ne voulant pas voir son unité devenir des «chiens de guerre». Miller admit que lui aussi travaillait pour Cipher comme un homme d'affaires, mais Big Boss lui pardonna. Ultimately, through Solid's influence, he adopts Solid's philosophy of helping anyone that needs it, and casts away the shackles of his past, refusing to let it define him, instead accepting it as a part of who he is and moving onward to create a better future. During the conversation, Zero told Ocelot that he aimed to create another Snake, with Ocelot angrily assuming it was a product of the Les Enfants Terribles project. Bien que si ses camarades / amis sont menacés, il soumettra à un interrogatoire comme lorsque Cunningham a essayé de tuer ses camarades de le faire parler.